病毒性脑炎可通过临床表现、脑脊液化验、脑电图及CT来诊断。少数有条件的医院可做特异性抗体或病毒分离，以进一步明确病原。 腰穿抽取脑脊液进行检验，是临床确诊病毒性脑炎以及与其他疾病进行鉴别的最基本手段。当医生发现孩子脖子硬(下颏不能接触到胸部)，会怀疑孩子患有颅内感染，并动员家长进行腰穿检查。许多家长一听说腰穿，非常恐慌，总认为腰穿后孩子会傻，因此拒绝腰穿，这样会贻误诊断、治疗。