化妆品微生物污染可以是原料本身的污染、生产过程中的污染或化妆品启封后使用或存放过程中的污染。化妆品生产过程中使用的原料、容器和制作过程中都有可能受到微生物的污染，尤其在冷却灌装过程更易受污染。化妆品使用时存放不当可引起污染，一些手接触的化妆品也可能由于手带有微生物而使化妆品受到污染。