鼠疫疫苗曾经得到广泛使用，但未证实它是一种可有效预防鼠疫的做法。在暴发情况下不建议将疫苗用于直接保护。疫苗注射只建议用于有极高危的人员， 例如实验室人员或在疫区工作的人员。到有鼠疫发生的国家旅游的人士通常都没有必要接受注射，除非他们接触鼠疫的机会非常高；就算如此，他们服用一个短暂的抗生素(四环素或多西环素)预防药物疗程是较为上算的。