由于季节性流感病毒与甲型H1N1流感病毒基因序列的同源性较低，因此接种季节性流感疫苗并不能直接针对甲型H1N1流感产生保护性作用。然而，接种季节性流感疫苗在预防季节性流感病毒感染及其所导致的并发症的同时，降低了季节性流感病毒和甲型H1N1流感病毒共同感染的概率，从而降低了由于混合感染而导致重症甚至死亡的可能性以及病毒发生重配的风险，同时接种季节性流感疫苗有利于在出现流感样症状时，为季节性流感和甲型H1N1流感的鉴别诊断提供参考。